黄丛林博士主要研究领域为：菊花生物技术育种及其产业化关键技术的研发与示范；植物抗旱、抗寒、耐盐基因资源的挖掘和利用。先后主持国家转基因专项、北京市科委、市园林绿化局、市基金等国家和省部级项目14项，参加12项。在《PlantScience》、《JournalofIntegrativePlantBiology》、《科学通报》等刊物上发表论文60多篇，其中SCI论文12篇。做为第一副主编，主持编辑出版花卉栽培养护新技术推广丛书《食用菊花》、《荷花》、《桂花》等10册，约50万字。申请国家发明专利8项，已经获得国家发明专利1项、国家外观设计专利1项。注册登录基因19个。已经建立了一支由3名高级研究人员、6名技术员和4名工人组成的13人生物技术育种研究团队，是北京市园林绿化局的菊花育种创新团队，学科涵盖育种、栽培、细胞生物学、生化和生物技术等学科。培养硕士和博士研究生22名。

    2003年开始系统地进行菊花生物技术育种及其产业化关键技术的研发与示范：（1）在菊花资源的收集保存和评价方面：将离体保存和田间栽植相结合已经收集保存菊花资源1559份；在顺义北郎中建立了北京菊花种质资源保存圃和育种基地，面积30亩；将生物技术和常规技术相结合对其生物性状、遗传背景进行评价。（2）在菊花新品种培育方面：将生物技术和常规杂交技术相结合，集体培育和选育菊花新品种100个，其中：观赏大菊品种34个、食用大菊品种22个、观赏小菊品种40个、茶菊品种4个，目前正在分批申请新品种权和进行品种鉴定，已经有2个品种于2008年申请了新品种权；已经有8个大菊新品种在2009年第七届全国花卉博览会上得到鉴定，其中获金将2个、银奖1个、铜奖3个、优秀奖2个；5个大菊新品种在2010年第十届全国菊展上获金奖2个、银奖1个、铜奖3个。（3）在菊花产业化关键技术的研究方面：建立了菊花花期精确调控技术、龙菊、大立菊、菊花树、菊花瓶和菊花盆景等艺菊的造型技术、菊花工厂化育苗技术，建立了高档茶菊胎菊和米菊的烘干技术，建立了菊花酒的泡制技术。建立了危害菊花的3种主要病毒菊花花叶病毒、菊花B病毒、菊花番茄不孕病毒的分子检测技术。（4）与企业合作，在北京顺义北郎中建立了观赏绿化菊示范生产基地，在北京延庆和浙江遂昌建立了茶药菊示范生产基地，在四川成都建立了食用菊花示范生产基地；受2008北京奥组委的指派代表中国菊花界圆满完成了2008北京奥运会新闻中心菊花厅从6月20日到9月20日的菊花布置。集体获北京市菊花展一等奖7个、二等奖8个、三等奖8个。目前累计推广各类新品种28个、120多万株（盆）。

    另外，黄丛林博士还带领他的团队建立了高效、安全、高产量表达外源基因的烟草叶绿体基因工程技术。该团队已经利用此项技术生产高附加值可降解生物材料mcl-PHA。由于该项研究工作的创新性，相关的研究结果已被用作SCI杂志《ChineseScienceBulletin》2005年50卷第11期杂志封面。

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